Estão vinculadas à Diretoria 3 as superintendências de Promoção de Licitações (SPL), Participações Governamentais (SPG), Conteúdo Local (SCL) e Produção de Combustíveis (SPC).
Marcelo Castilho é superintendente de Desenvolvimento e Produção da ANP e faz parte da lista tríplice de servidores designados pelo Presidente da República para atuarem como substitutos em diretorias vagas, conforme determina a Lei 9.986, de 2000, com redação dada pela Lei Geral das Agências (Lei nº 13.848, de 25 de junho de 2019).